Výnos z majetkových daní je v České republice v porovnání s ostatními daněmi velmi nízký a navíc vznikají vysoké nedoplatky. Pro zajímavost v roce 2013 podle OECD tvořily příjmy z majetkových daní 1, 38 % příjmů ze všech vybraných daní. Pokud srovnáme 21 států Evropské unie je v České republice podíl příjmů z majetkových daní na celkových vybraných daních druhý nejnižší.
Dle zprávy Nejvyššího kontrolního úřadu vyplývá, že největším problémem spojeným s výběrem daně z nemovitých věcí, daně z nabytí nemovitých věcí, daně dědické a daně darovací je vysoký objem nedoplatků. Dle úřadu je výběr ostatních daní výrazně efektivnější a tato neefektivita výrazně ovlivňuje výši těchto daní či míru osvobození od daní.
Nedoplatky v roce 2014 dosahovaly 3,4 miliardy korun. Na získání každých 25 korun z těchto daní musí stát vynaložit jednu korunu. Dle Nejvyššího kontrolního úřadu největší podíl na nedoplatcích má daň z nabytí nemovitých věcí. V roce 2014 stát z této daně získal téměř 9,3 miliardy korun, nedoplatky však ke konci roku činily 2,3 miliardy korun.
„Vymáhání nedoplatků z majetkových daní významně ovlivňuje vysoký počet bagatelních nedoplatků do 5 tisíc korun," uvedl Nejvyšší kontrolní úřad. Avšak jak upozorňuje mluvčí Generálního finančního ředitelství Petra Petlachová, finanční správa na dlužníky s bagatelními nedoplatky nerezignuje. Nicméně značná kapacita pracovníků finanční správy se musí zaměřit na vymáhání velkých strategických nedoplatků, vzniklých nekalými obchodními praktikami, karuselovými obchody na DPH či „běžnými daňovými podvody“. Finanční správa se snaží i o prevenci zamezování vzniku velkých daňových nedoplatků, například pomocí kontrolně exekučních akcí a zajišťovacích příkazů.
Vymáhání nedoplatků se jeví i jako velký problém do budoucna, neboť Generální finanční ředitelství od loňského listopadu prodloužilo lhůtu pro jejich vymáhání. V krajních případech je tak úřady mohou začít vymáhat až 33 měsíců poté, co nedoplatky vznikly.